生物所秉承“篤耕云嶺、致惠民生”院訓，按照“頂天立地”的理念，以建設現代化一流農業科研所為目標，不斷凝練優化學科方向。目前已形成了作物資源保護生物學、作物資源分子生物學、應用植物病毒學、農作物生物技術育種、保健食品作物研究與應用、特色食藥用菌研究與應用6個特色優勢學科方向。所內建有農業農村部西南作物基因資源與種質創制重點實驗室、北京大學-云南省農業生物技術聯合實驗室、農業農村部西南作物資源繁殖更新基地、農業農村部云南稻種資源科學觀測實驗站、農業農村部轉基因檢測中心（昆明）、云南省農業生物技術重點實驗室、云南省稻種材料工程技術研究中心、云南國家高原野生稻資源圃、云南省作物種質資源庫。初步建成了云南省種質資源保護與評價體系、優異作物基因資源發掘與生物技術育種以及應用植物病毒學、食藥用菌等實驗研究技術平臺。相關技術平臺為云南省乃至西部地區相關研究機構承擔國際合作、國家和省級科技項目提供了設施、設備與實驗技術體系支撐。2012年農業部組織的全國“十一五”農業科研機構（1053個）綜合能力評估中，生物所綜合排名第39位，進入全國前50強，在全國專業排名第2位。
生物所以云南特有農業生物資源的生物技術發掘利用為主攻方向，開展農作物資源保護生物學、農作物資源分子生物學、應用植物病毒學、農作物生物技術育種、保健食品作物研究與應用以及特色食藥用菌研究與應用研究，支撐云南高原特色生物農業產業發展。所內建有云南省農業生物技術重點實驗室、農業部西南作物基因資源與種質創制重點實驗室等省部級平臺，省部級科技創新團隊3個。“十二五”以來，主持承擔國家973、863、948、國家重點研發計劃項目課題近17項，國家自然科學基金項目46項（其中NSFC-云南聯合基金重點項目3項），農業農村部國家現代農業產業技術體系崗位科學家3項、綜合試驗站1個，其他省部級重點、重大科技項目9項。獲得省部級及以上科技成果獎17項，其中國家科技進步二等獎3項，中華農業科技獎一等獎1項，教育部科技獎一等獎1項，云南省技術發一等獎1項。發表研究論文596篇，其中SCI論文149篇，出版專著40部。獲得發明專利授權32項、實用新型專利授權21項，獲得計算機軟件著作權1項；獲得植物新品種權18個，國家農作物品種鑒定3個，國家非主要農作物品種登記23個,云南省品種審定、鑒定57個；制定國家標準1項，農業行業標準1項、地方標準8項。成果的推廣應用為云南及周邊省區發展特色生物產業引領和支撐精準脫貧與鄉村振興提供了有力保障。
圍繞特色優勢學科加強創新團隊建設，加強內引外聯，目前已培育省部級科技創新團隊3個、院創新團隊5個；引進高端科技人才3人，入選“百千萬人才工程”國家級人選1人，云南省“云嶺學者”1人，國務院特殊津貼專家1人，省突1人，省貼2人，省“萬人計劃”產業領軍人才1人，省“萬人計劃”青年拔尖人才3人，云南省二級研究員5人，云南省“兩類人才”14名，國家現代農業產業技術體系崗位科學家3人，綜合試驗站站長2人，云南省現代馬鈴薯產業體系病蟲害功能研究室主任1人。國家人社部云南省農業科學院博士后科研工作站掛靠在我所，已培養博士后13人，受國家科技部國際合作交流中心委托，已培養亞非杰出青年科學家11人，與中國科學院昆明植物研究所、中國農業科學院研究生院、云南大學、云南農業大學等合作聯合培養博士、碩士研究生82人，在人才培養方面發揮了重要作用。
近年來，一批新技術和新品種廣泛應用，產生了顯著的經濟社會效益和生態效益。云南省作物病毒研究與應用創新團隊研發的水稻、玉米、煙草、馬鈴薯、蔬菜、花卉以及柑橘類果樹重要病毒、類病毒、植原體以及黃龍病檢測試劑盒已規?；瘧糜谠颇霞爸苓吺^糧經作物重要病害診斷、發生流行監測與綠色防控，保障了穩產優質，有效降低了化學農藥的施用；云南省作物種質資源與生物技術創新團隊成功建立了野生稻保護、評價、發掘和利用的成套研發模式，首創了元江普通野生稻以粳稻為背景的滲入系庫，創制了“云資秈”“云資粳”系列優質高產稻品種，建立起表型、基因型（分子標記+基因組重測序+轉錄組）、生理生化的精準鑒定評價技術體系，應用獲得大量種質創新材料;食藥用菌研究與應用創新團隊圍繞野生菌增產進行生態保育促繁研究，集成一系列食用菌保育技術建成野生種質保護、保育基地9個，開展了馴化種植栽培示范，增產效果明顯，有力地支撐了云南、貴州、西藏等省區圍繞精準脫貧發展特色食藥用菌產業。加大主要糧經作物生物技術培育優良新品種的研發力度；加快功能稻米、功能大麥、魔芋、蕎麥、香草等保健食品作物及其加工產品研發。上述成果的應用推廣為發展特色生物產業支撐精準脫貧與鄉村振興起到了積極的引領和有力的支撐作用。
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